アーランド共和国のはるか北西に位置するアールズ王国。そこは、機械と錬金術で大きく発展したアーランドに比べ、未だ発展の余地を多く残す、小さな辺境国である。

アーランド国主ジオは旧友であるアールズ王デジエに共和国への参加を提案しだが、現実には課題も多く、反対派の批判を解消するためにも、アールズの国力増加について、国をあげての開拓事業を開始することになる。

まずは、アーランドから有能な人材の派遣が決定した。その派遣団の中に錬金術士トトリの姿があった。

アールズの姫メルルはトトリと出会い、初めて見る錬金術に感動し、錬金術士になるために、半ば押しかけ気味に、トトリに弟子入りを志願するのであった。

今作では、アーランドから遠く離れたアールズ王国という小さな辺境の国が舞台となります。

「トトリのアトリエ～アーランドの錬金術士２～」で主人公のトトリが、母親を捜す旅を続けていたその間に、アーランド共和国の元国王であったジオはアールズ王国を訪れ、旧友である国王にアーランドへの合併の相談を持ちかけていました。

合併が現実に動き出したのは、トトリの旅が終わってから約一年後。

５年後のアーランド入りに向けて、国を挙げてのアールズの発展事業が開始される運びとなりました。
次のアトリエの物語は、そんな新しい夜明けを迎えようとしている国を舞台に展開されます。

アーランドからやってきた錬金術士トトリと出会ったことで、錬金術士の弟子になることを決意したメルル。
退屈なお城の生活から抜け出しトトリのいるアトリエへ向かいます。
そこから、メルルの錬金術士としての物語が始まります。

今回の物語は、アールズのお姫さまであるメルルがトトリに弟子入りし、錬金術士になるところから始まります。
従来のシリーズの主人公と異なり、お姫さまという特殊な出自を持つ主人公、メルル。
彼女は、どのようにして錬金術と王族の責務を両立していくのでしょうか。
今作も、全てのイベントはフルボイスにてお送りします。